24. Februar 2025 - Software und Anwendungen / Forschungsdatenmanagement OMERO - Neuer Dienst für Mikroskopie-Daten
Das Universitätsrechenzentrum und die Research Data Unit (RDU) haben mit der Einführung eines neuen Dienstes für die Verwaltung von Mikroskopie-Daten begonnen. Mit der webbasierten Software OMERO (Open Microscopy Environment) können Forschende und Arbeitsgruppen ihre Daten sicher in einem zentralen Datenarchiv (Repository) verwalten und verarbeiten.
Vom Mikroskop bis zur Publikation: Zentraler Dienst zur Bilddatenverwaltung für die Lebenswissenschaften
Mit der Open-Source-Software OMERO können große, bildbasierte Datenmengen standortunabhängig angezeigt, organisiert, analysiert und geteilt werden. Die zentrale und sichere Lösung erleichtert das Arbeiten mit großen Bilddaten. Einige Vorteile im Überblick:
- Zentrale Verwaltung & Sicherheit
Alle Daten sind an einem Ort gespeichert und verbleiben auf universitären Servern. Sie sind somit sicher vor externen Zugriffen geschützt. - Flexibler Web- und Desktop-Zugriff
Forschende und standortübergreifende Teams können flexibel via Browser oder eine Desktop-Anwendung auf Daten zugreifen. - Individuelle Anbindung über API
OMERO lässt sich in bestehende Workflows integrieren, etwa zur automatisierten Bildanalyse in der Bioinformatik. - Breite Formatunterstützung
Über 150 Bildformate werden unterstützt, darunter die wichtigsten Mikroskopie-Dateiformate. - Leistungsstarke Infrastruktur
Die Speicherung erfolgt auf skalierbaren Ressourcen, die für große Datenmengen optimiert sind – ideal für hochauflösende Mikroskopie-Daten.
Direkte Anbindung an Forschungsdatenmanagement-Services
OMERO wird von den Forschungsdaten-Expert:innen der Research Data Unit betreut und ist direkt mit anderen Services verzahnt. Wissenschaftler:innen profitieren z.B. vom breitbandigen Zugriff auf den Landesdienst SDS@hd für eine effiziente und sichere Verarbeitung. Scientific Data Storage SDS@hd ist ein zentraler Dienst zur sicheren Speicherung von wissenschaftlichen Daten, der von Forschenden aus ganz Baden-Württemberg genutzt werden kann.
Closed Beta-Testphase: Frühzeitiger Zugang für Forschende
Die Einführung von OMERO beginnt mit einer geschlossenen Beta-Testphase, in der registrierte Forschende die Software unter realen Bedingungen erproben können. Ziel ist es, Funktionalitäten in der Praxis zu testen, Nutzungsfeedback zu sammeln und mögliche Optimierungen vorzunehmen, bevor der Dienst für alle verfügbar wird.
Interessierte Wissenschaftler:innen, die Mikroskopie-Daten effizient verwalten und OMERO testen möchten, können für sich bzw. ihre Arbeitsgruppe den Zugang zur Beta-Testphase per Mail an omero-support@urz.uni-heidelberg.de beantragen. Voraussetzung ist eine gültige Uni-ID. Rückmeldungen der Tester:innen sind über diese Mailadresse ebenfalls willkommen, um den Dienst optimal auf die Anforderungen der Nutzer:innen ausrichten zu können.